Une agence secrète classée "secret défense" découvre l'existence de l'usine et du supercalculateur, qu'ils veulent éteindre pour pouvoir l'étudier. Dans le même temps, Xana lance une attaque sur Lyokô. Les héros vont devoir lutter sur tous les fronts: Au labo, pour éviter la fermeture du supercalculateur, et sur Lyokô, pour contrer l'attaque de Xana...