X.A.N.A ne laisse pas un détail de la vie du collège lui échapper. Le proviseur a décidé d’agrandir le gymnase, et les bulldozers du chantier sont des armes que le supercalculateur ne tarde pas à récupérer. Nos héros doivent stopper cette nouvelle attaque avant que cette armée de métal ne dévaste l’usine et rende ainsi inaccessible leur laboratoire secret. Pendant la bataille menée sur Lyoko, Yumi bascule dans la mer numérique et devient ainsi virtuelle à jamais. Cruel dilemme pour Jérémy qui venait d’atteindre l’objectif de sa vie : matérialiser Aelita. Il n’y a qu’une seule tentative possible : ce sera Yumi ou Aelita…