Lors d'une mission de routine d'Aelita et Yumi sur Lyoko, cette dernière disparaît soudain sans raison et se rematérialise dans un scanner de l’usine. Évanouie, elle est transportée par Jérémy, Ulrich et Odd à l'infirmerie. A son réveil, Yumi se met à agir bizarrement, insistant pour retourner à l'usine, alors que ses amis se questionnent encore sur la raison de cette dévirtualisation intempestive…
Ce que les garçons ignorent, c'est que la vraie Yumi est restée sur Lyoko, prisonnière de X.A.N.A, tandis qu'un double maléfique et quasiment invulnérable a pris sa place dans le monde réel avec pour mission d’anéantir nos héros.
Jérémy, sans méfiance, envoie Odd et Ulrich sur Lyoko afin d'aider Aelita à désactiver une tour : il se retrouve seul avec la créature de X.A.N.A. Seule la vraie Yumi, libérée par ses amis, parvient in extremis à regagner le monde réel afin d'affronter son double…