À la suite d'une tentative malheureuse de Jérémy pour faire apparaître Aelita, le programme qui gère la jeune fille virtuelle se bogue : si cette dernière désactive une tour, elle disparaît purement et simplement de Lyoko ! Une course contre la montre commence pour Jérémy, qui doit absolument réparer le programme d'Aelita avant la prochaine attaque de X.A.N.A.
Malheureusement, le supercalculateur passe à l'action, en envoyant des ultrasons destructeurs qui provoquent l'effondrement du collège, et menacent la vie d'Odd …
Ulrich et Yumi rejoignent Aelita sur Lyoko, mais face à l'ampleur de l'attaque, il devient bientôt évident que Jérémy n'aura pas le temps de résoudre le problème avant la désactivation de la tour. Le sacrifice d'Aelita devient inévitable...