À la suite d'une discussion houleuse entre Aelita et Jérémy, ce dernier décide de se rendre lui-même sur Lyoko afin de rencontrer enfin son amie et ainsi se faire pardonner… Yumi n'est pas emballée par l'idée, car Jérémy est le seul du groupe à maîtriser parfaitement la technologie du supercalculateur.
De fait, à la suite d'une erreur de manipulation de Yumi, Jérémy se retrouve coincé entre le monde réel et le monde virtuel, neutralisant une partie de la mémoire des scanners, et interdisant ainsi tout nouveau transfert sur Lyoko.
Tout en essayant d'échapper aux créatures de X.A.N.A lancées à ses trousses, Aelita tente de libérer Jérémy. Pendant ce temps, Yumi, Ulrich et Odd cherchent un moyen de récupérer de la mémoire afin de se transférer sur le monde virtuel...