Depuis quelque temps, une certaine lassitude s'est emparée de nos héros, qui en ont un peu assez de combattre X.A.N.A. Fatigué de cette routine… et de l'apparente indifférence de Yumi à son égard, Ulrich se met à fréquenter une autre jeune fille, ce qui provoque la colère de Yumi et déclenche une dispute entre les deux amoureux transis … Parallèlement, une tour s'active sur Lyoko, mais aucun de nos héros ne parvient à déterminer la nature de l'attaque de X.A.N.A. Dans le doute, Ulrich, Yumi et Odd sont envoyés sur le monde virtuel pour découvrir le piège dans lequel ils sont tombés : ils sont maintenant "interdits" de dévirtualisation, sous peine de destruction définitive ! Cette lutte "au finish" change complètement la perception de nos héros vis à vis de leur mission —cette fois, il n'est plus question de routine— et contribue à la réconciliation de Yumi et Ulrich...