Ce jour-là, comme d’habitude, nos héros ont réussi à désactiver une tour. Le traditionnel retour dans le temps à lieu… Mais cette fois, se retrouvant douze heures plus tôt dans la classe de Mme Hertz, Jérémy constate que Odd, Yumi et Ulrich sont absents. Ils ne sont pas « revenus » de Lyoko. Affolé, Jérémy se lance dans une enquête et découvre que l’absence de ses amis est due à un plan machiavélique de X.A.N.A. Ce dernier a réussi à emprisonner Ulrich, Odd et Yumi - sans qu’ils ne s’en rendent compte - dans un univers virtuel. Une matrice d’un collège Kadis qui n’existe pas… et où un Jérémy virtuel qui n’existe pas non plus tente de les supprimer ! Le véritable Jérémy ne pourra compter que sur lui pour sauver ses amis...