Grâce au journal de Franz Hopper enfin décrypté, Jeremy a compris la nature du virus qui lie Aelita à X.A.N.A. : il s'agit d'un "fragment" de la jeune fille que X.A.N.A. a dérobé. Il faut à tout prix le récupérer pour pouvoir enfin arrêter le Supercalculateur et détruire X.A.N.A. ! Mais de son côté, Aelita est perturbée par certaines révélations la concernant contenues dans le journal de Franz Hopper. Du coup, elle tente d'arrêter elle-même le supercalculateur, mettant sa vie en danger. Jeremy la sauve et parvient à la convaincre de participer à la dernière mission sur le 5ème territoire afin de récupérer son fragment manquant. L'ultime combat contre X.A.N.A. se prépare…